3D Deconvolution free
Jak zapowiadałem pięterko wyżej - pobawiłem się po raz drugi free pluginem do ImageJ realizującym dekonwolucję obrazów mikroskopowych
tutaj więcej informacji o tym narzędziu
Tym razem udało się. Tzn. program działa, choć użycie nie należy do prostych. Coś robi, z jakim skutkiem to mi jeszcze trudno oceniać.
Dane były zebrane dość chałupniczo i niezbyt precyzyjnie. Obiekt też chyba nie najlepszy. No i doświadczenia jeszcze brak.
Na obrazkach 8 warstw, z posuwem o +-3. 33mm, robionych obiektywem x16/0. 4 apochromat Zeiss
do dekonwolucji wziąłem zielony kanał bo program pracuje tylko na obrazkach 32-bit greyscale.
Obiekt to sferocyty z egzoperydium rzekomej Lycoperdon pyriforme.
oryginalnie warstwy, tak jak zfotografowane:
Algorytm ForWaRD
scale reduction 1
scale reduction 3
Algorytm Iterative Restoration
25 interacji, gamma 0. 125
50 interacji, gamma 0. 125
100 interacji, gamma 0. 125
Algorytm Regularized Inverse Filtering
lambda 0. 2
I jeszcze dla wyobrażenia jak wygląda PSF dla tych obrazków.
PSF jest pokolorowany (LUT) i z silnie zwiększonym kontrastem. Aby było coś widać.
Tak się rozkłada wg. prostego modelu obraz jednego punktu w poszczególnych warstwach po stronie obrazowej mikroskopu.
a tak wygląda PSF w użyciu, bez kolorowania i podnoszenia konstrastu
Trzymamy się tematu forum. Nie drażnimy się. Ma być miło :) ⇒ szerzej o zasadach i coś jak regulamin