A więc tak:
1. Z tego co mam i co dostanę wybiorę reprezentatywną grupę na podstawie cech makro i ekologii (aby były tam "typowe" M. conica, M. elata, M. esculenta, to co uważam za M. importuna + jakieś dziwactwa, okazy niepewne, o dziwnej ekologii etc.).
2. Badań molekularnych nie robię sam, bo nie mam sprzętu. Od jakiegoś czasu współpracuję w tej kwestii z Marcinem Pietrasem z ID PAN w Kórniku.
3. Z wybranych owocników pobiorę próbki i przekażę do badań.
4. DNA z próbek ekstrahuje się odpowiednim buforem.
5. Wyekstrahowana ilość jest za mała, więc się DNA "powiela" przy pomocy odpowiednich enzymów (metoda PCR). Oczywiście nie cały genom, bo sekwencjonowanie całości jest zbyt czaso- i kosztochłonne. Do badań taksonomicznych wybrano kilka(naście) fragmentów DNA (różnych dla różnych grup systematycznych), które wykazują duży polimorfizm. Wiadomo, są takie fragmenty DNA które u nas i u ślimaka są dokładnie (lub prawie dokładnie) takie same, a więc do rozróżnienia Homo sapiens i Helix pomatia się nie nadają. Zatem ich nie badamy, i szukamy takich, które wykazują dużą zmienność między gatunkami. Podobnie jest u grzybów. Bilodzy molekularni i taksonomowie wykazali, że fragmentami genomu, wykazującymi dużą zmienność pomiędzy różnymi gatunkami (czy taksonami wyższych rządów) grzybów, są m.in. ITS (Internal transcribed spacer) oraz LSU (duża podjednostka rRNA). Do próbki dodaje się fragmenty (primery, startery) DNA, wiążące się z DNA badanego materiału przed interesującymi nas odcinkami, a następnie dobudowuje się do tych sterterów łańcuch komplementarny do analizowanej nici. Jak się już taki kawałek "namnoży" (kilkaset i więcej nukleotydów) to się go oddziela od naszej matrycy ("całego" DNA grzyba) i sekwencjonuje (tnie na kawałki), ustalając sekwencję nukleotydów.
6. Analizuje się uzyskane wyniki. W teorii osobniki tego samego gatunku powinny wykazywać (prawie) taką samą sekwencję (wiadomo, jakaś tam zmienność wewnątrzpopulacyjna istnieje), a różnych gatunków - różną. Oczywiście metody molekularne nie są doskonałe, i są tylko jednym z narządzi w taksonomii. Przyjęta metodologia (badanie małego fragmentu, a nie całego DNA) może prowadzić do błędnych wniosków - może okazać się że dwa zupełnie różne gatunki akurat ten fragment DNA będą miały taki sam (tak jest w przypadku wielu Scleroderma). Czyli: różnice w sekwencji są silnym dowodem na to, że mamy do czynienia z różnymi taksonami, ale brak różnic nie jest dowodem, że dwa okazy reprezentują ten sam gatunek.
7. Na podstawie analizy statystycznej konstruuje się "drzewka" ukazujące pokrewieństwo między badanymi taksonami (na przykład pod koniec tej pracy:
http://www.ascofrance.com/uploads/document/Richard-Bellanger-et-al-2014-Morchella-revision-Mycologia-online-0001.pdf).
8. Dodatkowym ułatwieniem jest to, że sekwencje DNA uzyskane przez innych badaczy są zdeponowane w bazach. A zatem możemy porównać nasze dane z innymi. Jeśli, na przykład, nasza sekwencja jest zgodna z tą dla M. populiphila (a dane w bazie pochodzą od wiarygodnego badacza), owocniki mają cechy mikro- i makroskopowe takie jak opublikowane dla tego gatunku, to możemy być prawie pewni, że mamy w rękach ten gatunek.
(wypowiedź edytowana przez ramayana 19.maja.2016)
