Główna Zaloguj Wyloguj się Załóż Edycja Szukaj Kontakt grzyby.pl atlas-roslin.pl
Pomysły na bazę rozmieszczenia gatunków
« Poprzedni Następny » bio-forum.pl « Jaki to grzyb? Mykologia « Archiwum - starsze wątki « Archiwum 2012 « starsze wątki (do 31 grudnia 2012) «

#9368
od maja 2003

2012.12.17 06:52 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Anna Kujawa (ania)
W wątku zaczętym przez Mirka chwilę rozmawialiśmy o rozmieszczeniu gatunków https://www.bio-forum.pl/cgi-local/board-auth.cgi?file=/7340/531756.html

Wczoraj temat przypomniał mi Krzysztof Kołodziejczyk.

Porozmawiajmy o tym, czy jesteśmy w stanie stworzyć bazę danych o rozmieszczeniu poszczególnych gatunków.
Roboty byłoby na lata.

W zależności od przyjętej dokładności - dziesiątki tysięcy rekordów (po wprowadzeniu części stanowisk Wielkopolskich z trochę ponad 20 publikacji przy dokładności maksymalnej jak się da (np. oddział leśny jeśli jest) mamy ponad 10 000 rekordów).

Jeśli ktoś jest zainteresowany współtworzeniem takiej bazy, to proszę o zgłaszanie chęci udziału i wspólne pomyślenie nad jej kształtem.
Marek S. deklaruje pomoc w dyskusji nad bazą, w organizacji technicznego przedstawienia danych, powiązania ich z GREJ-em.

I co Wy na to?
i

#2995
od kwietnia 2001

2012.12.17 11:15 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Marek Snowarski (marek)
Myślę, że dla lepszego uświadomienia sobie jak zorganizować tego rodzaju przedsięwzięcie dobrze byłoby sprobować przeprowadzić akcję, krok po kroku tu na forum, na jakiejś przykładowej publikacji z b. krótką listą (kilka gatunków).

Proponuję tego rodzaju plan:

1. Ania wybierze jakąś publikację/ jakieś publikacje i umieści tutaj kilka zapisów in extenso z ich czeklist, tak aby były przykłady z jakimi rodzajami danych pierwotnych będą doczynienia.

2. Zastanowimy się jakby miał wyglądać jeden rekord robiony na podstawie czeklist z publikacji a umożliwiający obrazowanie na mapie; jak i służacy w przyszłości do innych celów (aby tę digitalizację danych robić tylko raz).
Tak na gorąco to rekord pewnie musiałby mieć takie pola
takson
id_publikacji -- odniesienie do stosownego identyfikatora publikacji w bazie literaturowej prowadzonej przez Anię
lokalizacja (kwadrat atpol, opisowa?, wsp. geograficzne)
rok?
uwagi

3. Koordynator przedsiewzięcia (Np. Ania) zarządzał by listą publikacji "do przerobienia" tj. ustalała z chętnymi co kto bierze na warsztat i odbierała od nich wklepane listy

4. Ochotnicy wklepywali by dane z publikacji najpewniej w Excell (szablon by każdy dostał jednakowy) bo to stosunkowo najwygodniej; jeśli byłoby to konieczne jest zawsze alternatywny format w pliku tekstowym

5. Przekazane surowe listy rekordów szłyby via Koordynator do mnie - ja bym przeprowadzał walidację techniczną (wyjdą wtedy jakieś literówki albo punkty ewidentnie z kosmosu bo palec przy wpisywaniu się omsknął itp. błędy); w razie czego zapisy byłyby korygowane

6. Po zatwierdzeniu przez Koordynatora listy, podłączał bym ją pod bazę do generowania mapek rozmieszczenia danego taksonu. Takie mapki bylyby generowane tak jak obecne z bazy GREJ. Na pewno przy okazji tej akcji wprowadzi się różne modyfikacje np. rozróznienie na mapie danych z GREJ i danych z literatury. Mapa byłaby linkowana do swojego pliku-legendy gdzie byłyby informacje źródłowe użyte dla generowania mapy.

Zima to chyba najlepsza pora by temat ruszyć, jeśli ma być ruszany.

#222
od listopada 2008

2012.12.17 11:33 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

ala mikołaj (wink)
ja juz zglaszalam chec pomocy w watku Mirka i ja podtrzymuje :)

#3974
od maja 2009

2012.12.17 12:52 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Mirosław Gryc (mirek63)
No to zastanawiam się czy nie powinienem dostać po uszach za wtrącanie się do nie swoich spraw:-(
- namieszałem więc muszę zabrać głos, chociaż mój pierwotny zamysł był zupełnie inny, miałem na myśli modyfikację(rozszerzenie funkcjonalności) bazy GREJ a nie wprowadzanie nowych zestawień.

Co prawda nie miałem sporo czasu na zastanowienie się nad tym pomysłem, dopiero wróciłem z pracy i zaraz jadę ponownie, ale temat jest na tyle interesujący, że nie mogę oprzeć sie aby naprędce nie napisać kilka słów. Jakbym coś namieszał to z góry proszę o wybaczenie:-)

Umieszczenie publikacji w formie mapki, może i pomysł nie głupi, ale roboty faktycznie "co nie miara".
Fakt, że tak jak pisze Marek, na początek można spróbować dla kilku gatunków i zobaczyć jak to w sumie będzie wyglądało.

Zastanawiałem się nad stroną techniczną tego zamierzenia. Umieszczanie jeszcze jednej mapki na stronie danego gatunku, nie wiem czy to dobry pomysł ???
Można zrobić coś w rodzaju "nakładek" na dotychczasową mapkę i przełączać widok w zależności od potrzeb: GREJ -> PUBLIKACJE.
Nie wiem jednak czy w HTML-u coś takiego "wypali", może w PHP ale to by "rozwaliło" dotychczasową strukturę Atlasu, ewentualnie jakieś skrypty ???
Najbardziej sensowne w tej sytuacji i wymagające najmniejszych zmian w dotychczasowej strukturze Atlasu, wydaje się dodanie do każdego gatunku nowej karty gdzie zamieszczona by była mapka, oczywiście linkowana na stronie głównej danego gatunku, przykładowo gdzieś w pobliżu mapki GREJ.

Nie wiem jak dokładne dane można wyczytać z dotychczasowych publikacji ale podejrzewam , że w starszych, podane położenie stanowisk jest tylko przybliżone, więc punkty musiałyby chyba być nanoszone "ręcznie". Warto by również zastanowić się nad czytelnością takich danych. W sumie tych publikacji nie ma aż tak dużo jeśli oczywiście weźmiemy pod uwagę tylko jeden gatunek, ale i tak umieszczenie zbyt wielu danych na mapce mogło by ja trochę "zagmatwać". Biorąc to pod uwagę myślę, że na mapce najlepiej zaznaczenia tworzyć w formie numerów kolejnych publikacji (01;02;03 ....itd), tu Marek na pewno miałby pomysł na jakieś fajne znaczki, natomiast opisy (więcej danych), oczywiście ponumerowane, zamieszczać bezpośrednio pod mapką, a których numery odpowiadałyby numerom na mapce. Taki układ od razu umożliwiałby odnalezienie konkretnego wpisu i jednocześnie wskazywałby na jego lokalizację.
Na dotychczasowych mapkach GREJ, takiej możliwości nie ma i czasem tego mi właśnie brakuje. Mam pod spodem opis zgłoszenia ale jeśli w tym miejscu jest więcej punktów nie jestem w stanie określić do jakiego wpisu dany punkt odnosi się.

Wiem że Marek na pewno będzie miał sporo własnych pomysłów i na pewno zrobi to z pełna klasą tak jak to co zrobił dotychczas ale może tych kilka uwag równiez mu się przyda.

Inną kwestią jest jeszcze temat który poruszał Marek przy okazji wcześniejszej dyskusji, czyli tworzenie mapek rozmieszczenia poszczególnych gatunków wg, danych nie weryfikowanych tak dogłębnie i nie publikowanych, czyli napływających od amatorów, których poprawność sam by weryfikował. W tym układzie myślę, że przy zastosowaniu takiej formy, obok innych zestawień, powoli mogło by również funkcjonować i takie, oczywiście nie kolidując z dotychczasową forma Atlasu bo umieszczone na oddzielnych kartach.


Jeszcze raz przepraszam jeśli coś napisałem niezbyt zrozumiale, trochę się śpieszę, czeka mnie jeszcze porządne odśnieżania, Podlasie zasypało (!), i to dokładnie, białym puchem i nadal sypie:-)
i

#1449
od września 2006

A gdzie miałaby pojawiać się mapa występowania danego gatunku?
To znaczy poprzez atlas grzybów czy na osobnej stronie tworzonej na potrzeby nowej bazy, np. po kliknięciu na dany gatunek z listy? Może wtedy wyświetlałyby się również pozostałe dane, np. źródła danych, ewentualny opis stanowisk itp. Chyba nic nie stoi na przeszkodzie, żeby mapki generowały się w obu przypadkach, ale taka poza atlasowa strona byłaby czytelniejsza i niezagnieżdżająca bazy głębiej w struktury atlasu grzybów.

Czyli baza z interfejsem ma już domek (w ramach bio-forum), administratora (Marek)? I przy okazji zacne sąsiedztwo gotowe do współpracy: grej i bazę literaturową :)

Jeszcze ważna sprawa. Sądzę, że dla zapewnienia poziomu wiarygodności bazy i poczucia pewnego komfortu pracy dla tworzących bazę, doboru źródeł danych w niej zamieszczonych powinien dokonywać zawodowiec (zawodowcy), w całym czasie prowadzenia nad nią prac.

Czy dla mapek w obecnej postaci jest obojętne jakie dane będą zawierały rekordy (atpol ,gps)? Inaczej mówiąc, czy można będzie wpisać tak jak podaje źródło (w osobnych polach) czy dopiero po ręcznym przerobieniu na wymaganą postać?
i

#1450
od września 2006

Aha, i jeszcze oczywiście mamy zawodowca kontrolującego jej zawartość?
Przepraszam, że wydało mi się to tak oczywiste, że nie napisałem :(
i

#2996
od kwietnia 2001

2012.12.17 21:39 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Marek Snowarski (marek)
To jest inicjatywa Ani a więc z fachowością nie ma problemu.
Ja pomagam tylko w kwestiach czysto technicznych.

Dziękuję za wszelkie pomysły o sposobach prezentacji mapek. Uwzględnię w maksymalnym stopniu. Mając na względzie przede wszystkim wygodę dostępu i czytelność prezentacji.

Co do danych lokalizacyjnych. To powinno być możliwie jak najprościej, bez specjalnego przerabiania wszystkiego na ATPOL. Oceniam że w większości przypadków (we wszystkich? gdzie nie ma atpol lub wsp. geograficznych) będzie można użyć nazw, bez ich zmieniania tak jak w oryginalnej publikacji. Ewentualnie z dopisaniem nazwy powiatu tam gdzie byłyby wieloznaczności.

#1045
od sierpnia 2010

2012.12.17 22:03 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Henryk Kasprzyk (wzuhk)
Jako fotogrzybnięty laik dysponuję dużą ilością wolnego czasu. Jestem do dyspozycji, ale proszę najprzód o małą aplikację. Chciałbym siebie sprawdzić :)

#6949
od stycznia 2007

Zgłaszam chęć udziału w współtworzeniu bazy, o której mowa w tym wątku :-)
i

#2997
od kwietnia 2001

2012.12.18 09:21 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Marek Snowarski (marek)
Przedsięwzięcie od strony prezentacji danychy zarządzania nimi i zwiazanej z tym bazy danych, interfejsów do wprowawadzania danychy, administrowania nimi, administracji, jeśli brać je w najszerzej zakreślonych rozmiarach - a mam kilkanaście pomysłów na rzeczy b. atrakcyjne - jest gigantyczne i prawie nierealizowalne (zeszły by mi grube miesiące).
Innymi słowy trzeba by długo czekać na mnie (ile to nie wiadomo, ale pewnie by wtedy entuzjazm wygasł) zanim można by działać.

Poszerzenia podstawy informacyjnej o występowaniu grzybów da się jednak zrealizować metodą prototypowania, czyli po kawałku. Na każdym etapie mając pozytywny zwrot informacji. Co zarówno motywuje, jak i pozwala korzystać z już wykonanej pracy (w tym wypadku mieć lepszą informację o rozmieszczeniu grzybów i coraz więcej danych w formacie elektronicznym, otwierającym praktycznie nieograniczone możliwości jej przerabiania i prezentacji).

Zchodząc z abstrakcji do szczegółów. Niezbędnym etapem przedsięwzięcia jest cyfryzacja informacji z publikacji. Można sobie wyobrazić stosowny formularz na stronie www który będzie służył do wprowadzania rekordów, będzie do tego inne narzędzie na stronie www dla aministratora do weryfikacji i akceptacji danych, wreszcie inny interfejs do prezentacji danych w różnych filtracjach i układach.
Tyle, że tego nie ma (na razie).
A i formularz na stronie www jest mało efektywnym narzędziem do wprowadzania masowych danych, rzędu setek lub tysięcy rekorów - lepiej sprawdza się tu swojski arkusz Excell - po prostu mniej klepań klawiszami, ruchów ręki, myszy, trzeba wykonać dla wprowadzenia danych, np. zaznaczenie i Ctrl-D pozwala powielić i wypełnić jednym ruchem dowolną liczbę komórek w dół itd.
Formularz do wprowadzania danych też będzie - ale nieco później, bo z innych względów jest wygodny do dopisywania pojedynczych rekordów oraz do poprawiania danych w bazie.

Wracając do planu.
Aby zacząć cokolwiek pokazywać potrzebne są dane.
Ania wykonała już pewne testy jak to idzie, wpisując kilkaset rekordów, w oparciu o arkusz Excell z następującymi kolumnami (c.d.n.):
i

#2998
od kwietnia 2001

2012.12.18 10:07 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Marek Snowarski (marek)
gatunek /tu ma w jednej kolumnie nazwę i cytację, wolal bym aby było to w osobnych kolumnach, w wielu wypadkach wystarczyło by wpisać nazwę a cytacja byłaby dodawana przez automat w drugim kroku przetwarzania danych (patrz dalej opis workflow) i w trzecim weryfikowana przez Koordynatora/
gromada /w 99.9% przypadków to samo we wszystkich rekordach - można nie wypełniać bo zrobi to automat lub wypełnić jednym ruchem: wpisać w pierwszej komórce, zaznaczyć w dół i Ctrl-D/
referencje /dla wszystkich rekordów z tej samej publikacji jest to samo - można zawrzeć nazwę identyfikującą publikację w nazwie pliku arkusza i ominąć to pole/
lokalizacja /w wielu rekordach dane lokalizacyjne sie powtarzają (uwaga dotyczy też pół poniższych) - bardzo efektywna jest u metoda metoda Ctrl-D czyli wypełnij w dół lub Ctrl-C/Ctrl-V czyli kopiuj/wklej; czy w tym polu będą informacj typu "N km na wsch. od miejscowości? może dla takich uściśleń osobne pole?/
Miejscowość
gmina
powiat
województwo
ATPOL /format określi Ania, można nie wypełniać jeśli nie ma tej danej w oryginalnym rekordzie, będzie określony przez automat na podstawie nazwy miejscowości; powinny być dwa pola: atpol oryginalnie podany w publikacji i atpol określony przy wpisywaniu do bazy; trzeba dodać pola na współrzędne geograficzne: długość i szerokość/
Zbiorowisko / w tych i następnych rekordach wiele będzie się powtarzac, więc: ctrl-c/ctrl-v)
substrat
liczba owocników
lata zbioru
status ochronny
grupa trof-substr
uwagi /trzeba określić o jakie uwagi chodzi - oryginalne z publikacji?/
uwagi II /trzeba określić o jakie uwagi chodzi - dopisane (za uwagą np. inicjały rozszerzone/identyfikujące dopisującego), tyczące rekordu w bazie/

przykładowy zapis:
Agaricus arvensis Schaeff. / Basidiomycota / Lisiewska i Galas-Świdurska 2005 /Poznań, Ogród Dendrologiczny AR / Poznań / Poznań / Poznań / wielkopolskie / Db08 / nieokreślone / ziemia / nielicznie / 2001-2003 / pospolity / S/s / dane oryginalne

Plan działań byłby następujący:

1. Ania napisała by krótką instrukcję (zasady) dla Koorydnatora, Administratora i Wprowadzających dane i (może być wpisana dla pamięci na osobnej karcie w pliku Excell); która by określała m.in.:
- reguły nazywania plików z arkuszami (sugeruję zasadę: jedna publikacja - jeden lub kilka /części/ plików nazwanych w określony sposób - ułatwi to życie)
- reguły wypełniania poszczególnych pol - dobrze jest podać kilka przykładów z różnych publikacji jak to przekłada sie na rekord w arkuszu
- opisze workflow (przepływ dokumentów i ich przetwarzanie - co w jakiej kolejności do kogo i co się tym dzieje)

2. Ania określi i dopracuje w kontakcie ze mną (bo będę musiał potem to czytać do bazy) format arkusza. Tj. dodatkowe pola o których piszę:
- cytacja alternatywnie w osobnym polu (tam gdzie już jest lub wygodniej jest pisać łącznie w polu gatunku może tak zostać, automat sobie poradzi)
- dwa pola atpol - oryginalne i określone przy wpisywani
- pola na wsp. geograficzne
- jasno określone gdzie jakie uwagi (oryginalne i własne)
- gdzie dookreślenia lokalizacji (typu tyle a tyle km w takim to kierunku od)
...

3. Po ustaleniu ze mną kształtu formularza do wprowadzania danych. Ania w kontakcie z jednym chętnym do wpisywania opracuje pierwszą testową publikację i prześle arkusz do mnie. Nie powinna być krótsza jak kilkadziesiąt rekordów ale i nie nazbyt długa (ponad 200 to byłaby przesada przy testach).
Chcę aby było to zrobione w realnym układzie - tj. arkusz z rekordami wpisanymi przez Wpisującego a nie przez Anię (taki już mam) - chodzi o to, że w realnych warunkach mogą wyjść różne kwestie których ani Ania, ani ja nie przewidzieliśmy.
Jak trzeba to w ten sposób, ale z innymi Wpisującymi, przygotujemy drugi, trzeci i czwarty arkusz testowy.

4. Na podstwie pierwszych arkuszy testowych dopracuję wciąganie tego do bazy. Jeśli będą konieczne jakieś modyfikacje arkusza i instrukcji wpisywania to wtedy to wykonamy i dopiero wtedy ...

5. Ruszamy z szerszym wpisywaniem - tylu wpisujących ilu chętnych i dane czeklistowe z tylu publikacji ile da radę - Ania ustala z Wpisującymi co kto robi i odbiera od nich oraz wstępnie weryfikuje arkusze i następnie przesyła do mnie dla wciągnięcia do bazy.

6. Ja w międzyczasie dorabiam interfejs dla wygodnego on-line:
- administrowania danymi i ich weryfikacji przez Koordynatora
- do prezentacji już zebranych danych na mapie - wszyscy się cieszą bo widać coraz więcej i lepiej

7. W miarę postępów zapał do pracy rośnie

#10
od listopada 2012

2012.12.27 22:17 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Bartek Hulinka (aknikuh)
taka baza fajna rzecz. Naprawdę przedni pomysł.
i

#1488
od września 2006

Są jakieś postępy ?
:)

#9382
od maja 2003

2013.03.31 08:48 Edytuj wypowiedź Usuń wypowiedź

Anna Kujawa (ania)
Nie, na razie cisza i zastój (w sprawie tej bazy).
« Poprzedni Następny » bio-forum.pl « Jaki to grzyb? Mykologia « Archiwum - starsze wątki « Archiwum 2012 « starsze wątki (do 31 grudnia 2012) «
Czy jesteś pewien/pewna, że masz coś (rzeczowego) do dodania?

Główna Ostatnia doba Ostatni tydzień Szukaj Instrukcja Kopuj link Administracja
ta strona używa plików cookie — więcej informacji