Robiłem ostatnio rozpoznanie różnego oprogramowania do korekty, obróbki fotografii.

Postaram się tu przedstawić nieco przemyśleń i rezultatów. Może się komuś jeszcze przyda lub ma się też czym podzielić.
Niektóre sprawy potraktuję bardzo skrótowo. Jeśli będzie ktoś chciał wiedzieć więcej proszę się dopytywać.

Na pierwszy rzut idzie kwestia składania obrazków z nikłą głębią ostrości (jak to pod mikroskopem).

Innymi słowy: jak to co robimy jeżdżąc srubą mikrometryczną w górę i w dół, aby np. zobaczyć ostro górną powierzchnię zarodnika a potem jego ścianę w przekroju i wnętrze, zrobić na fotografii.

c.d.n. To będzie seria postów bo tak mi łatwiej pisać, po kawałku.

Więc tak zrobiłem taką oto serię obrazów zarodników Bovista limosa (tak Aniu, to co znalazłaś w Czechach na poboczu drogi przy zbiorniku (wyrobisku piachu?)) to ten gatunek. Przynajmniej z kilku różnych kluczy tak mi wychodzi.

Razem było 16 przekrojów optycznych, pod obj. x100, z imersją, z posuwem pomiędzy kolejnymi zdjęciami o 0.5 działki śruby mikrometrycznej, tj. z posuwem obiektywu (a że imersja to i obrazu) o 0.5 mikrometra. Dla wygody dalszej prezentacji będę mówił o poziomie warstwy od 0 do +7.5 mikrometra licząc od dołu w górę preparatu. Szerokość obrazka ok. 33 mikrometry.

Poniżej dla przykładu kilka przekrojów optycznych:

warstwa +1, zarodnik "na godz. 10" optycznie przekrojony w środku, widać drobną chropawość ściany komórkowej


warstwa +2.5, zarodnik na godz. 3, widać chropowatość ściany komórkowej "od spodu" zarodnika


warstwa +4, ten sam zarodnik na godz. 3, widać tym razem przekrój optyczny przez środek i chropowatość ściany komórkowej na jej obwodzie, to samo widać u zarodnika na godz. 5


warstwa +6.5; zarodnik na godz. 3, chropowatość "na górze zarodnika"


Głebia ostrości przy obserwacji ocznej w mikroskopie wynosi w tych warunkach kilka dziesiątych mikrometra, nie przekracza 1 mikrona.

(wiadomość edytowana przez Marek 19.lutego.2006)

Jeszcze uwaga do zdjęć.
Preparat w laktofenolu, ok. 3 doby, stąd takie błękitne sterygmy. Wybarwienie to sprzyja też lepszemu kontrastowi urzeźbienia ściany komórkowej.

Proszę zauważyć jak przy posuwie 5.5 mikrometra pomiędzy pierwszym a ostatnim zdjęciem, zarodnik na godzinie 10 przestaje być widoczny (zostaje jedynie nieostra plama).

Proszę zauważyć jak uwidaczniają się poszczególne odcinki sterygmy u zarodnika na godz. 5 - bo jest ona ustawiona ukośnie w stosunku do powierzchni szkiełka, końcem w dół.

Bovista limosa chyba - o fajnie :-)
Włośnię też jej fotografowałeś?

W trakcie swoich poszukiwań znalazłem sprytny programik - Helicon Focus.

Oto efekt jego działania, złożone zostały warstwy do 0 od +6.5:



Ogladając na stronie
http://heliconfocus.com/pages/index.php?focus_overview
efekty działania można by oczekiwać czegoś lepszego.

Problem wynika ze sposobu działania - program automatycznie (i zadziwiająco szybko i poprawnie) wyszukuje ostre miejsca w każdym z obrazów (z pewnymi płynnymi przejściami - maskowanymi stopniem przeźroczystości) i składa je ze sobą.

Daje to zadziwiająco spektakularne rezultaty przy obiektach nieprzeźroczystych, W przypadku jednak przeźroczystych lub prześwitujących. Jak w przypadku powyższych obrazów mikroskopowych, efekty nakładania się poszczególnych warstw daję nienajlepsze wyniki. Poza tym ojawia się sporo artefaktów.

c.d.n.

(wiadomość edytowana przez Marek 17.lutego.2006)

Do Ani:

Włośnie są takie bardziej drzewiaste (pierwsza fotka) i takie mniej rozgałęzione (druga - jak sie przypatrzyc to widac ze sa to 3 osobne "wloski"). Za mało jestem opatrzony w tych historiach aby wyrokować czy te mniej rozgałęzione to już są wystarczajaco Lycoperdon-type.
Bez sept (nie dopatrzyłem się żadnych) i bez jamek.





To czy blizej scianek sa bardziej lycoperdon-type, a w centrum bardziej bovista-type, jak pisza w opisie B. limosa - to szczerze mowic zbyt subtelne rozroznienia jak dla mnie - zwlaszcza jak sie ta "splatana wata" ciagnie z "takiej purchawy" :).

(wiadomość edytowana przez Marek 17.lutego.2006)

Pimpek, myślę, że ten program to coś w sam raz na potrzeby twoich eksperymentów z fotkami
spod binokularu ;-)))

Na pożegnanie tego tematu jeszcze raz "składana fotka" tym razem pliki źródłowe miały skorygowaną aberację chromatyczną (o tej, naprawdę użytecznym procesie w cyfrowej obróbce fotografii, napiszę w kolejnym wątku, nie dzisiaj) i były użyte pełnowymiarowe pliki TIFF zamiast małych JPG.



Efekt niewiele lepszy jeśli chodzi o informacje. Choć fotka bez aberacji chromatycznych oczywiście ładniejsza.

Będzie jeszcze jeden wątek o prawdziwej dekonwolucji 3D (co to jest wyjaśnię :) ) też dla ubogich ale inaczej, bo na darmowym oprogramowaniu. Ale to nieco później bo jeszcze eksperymenty trwają.

Tak, Aniu, oczywiście to Bovista limosa. Pisząc ten wątek siedziałem już w opracowaniu swoich Lycoperdon, stąd przy szybkim pisaniu przejęzyczenie.
Dzięki za czujność.

Jeszcze o składaniu ostrych fragmentów obrazków, w stosie obrazków.

Jest kilka programów wspomagających takie operacje. Między innymi darmowy Combine Z5
http://www.hadleyweb.pwp.blueyonder.co.uk/CZ5/combinez5.htm

Przy okazji trafiłem na fajne forum o mikroskopowaniu (ale w mało zrozumiałym dla mnie języku : ) ):
to można zobaczyć między innymi efekty użycia Combine Z5:
http://forum.mikroscopia.com/index.php?showtopic=3055

Jest też na tym forum dział poświęcony mykologii. Niektóre fotki b. b. ciekawe:
http://forum.mikroscopia.com/index.php?showforum=115

Tak, dla potomnych.
Po bliższym przyglądnięciu pod mikroskopem rzekoma Bovista limosa okazała się być bardziej trywialną Bovista pusilla.

To dlaczego ma takie wyraźne i długie sterygmy? Zarodniki B. pusilla nie mają sterygm.

Sorry, palnąłem.

Pisząc drugi post w tym wątku nie wiedziałem jeszcze tego o czym poniżej.

Sprawa jest poplątana. W tym samym miejscu była mieszanka 3 gatunków:
B. pusilla
http://www.grzyby.pl/gatunki/Bovista_pusilla.htm

B. plumbea (to jej zarodniki i włośnia są pokazane w tym wątku)
http://www.grzyby.pl/foto/znalezisko-20051002.4a.05.htm

i niedojrzałe Vascelum pratense

Gatunki wszystkich trzech owocników były fotografowane "do kupy" bez rozróżnienia w tym momencie (zaparowane okulary, deszcz, pośpiech :) )

Dopiero przy przeglądaniu zbiorów zostały rozróżnione.
Limosa wyszła na początkowym etapie oznaczania z tego, że oglądałem pod mikroskopem zarodniki z jedynego egzemplarza B. plumbea w tej mieszance i jednocześnie łączyłęm je makro-fotografiami B. pusilla.

Lekkie :) zamieszanie. Ale rozwikłane.

:-(((( szkoda :-((( że nie limosa