2009.10.21 22:42
Szef Zakładu Mikologii IB PAN Andrzej Chlebicki poprosił mnie o zamieszczenie informacji o tematach doktoranckich jakie mogą być zrealizowane u niego:
1. Variability of ITS, (Ssu, Tef 1alfa, beta-tubuline) sequences of some airborne fungi from Poland from such genera as Aureobasidium, Exophiala, Trichoderma and Penicillium.
Praca będzie polegała na zebraniu izolatów grzybowych z powietrza (budynki użyteczności publicznej jak np. Wawel, Muzeum Narodowe, kościoły, podziemia, kopalnie, jaskinie - do uzgodnienia w zależności od możliwości i zainteresowań doktoranta), wyhodowanie kultur na pożywkach, izolowanie DNA, sekwencjonowanie wybranych fragmentów, porównanie z innymi sekwencjami, tworzenie drzewek filogenetycznych dla każdego gatunku. Dokładne opisy szczepów, wcielenie szczepów do Banku mikroorganizmów potencjalnie użytecznych w biotechnologii. Praca umożliwi poznanie niebezpiecznych organizmów występujących w różnych środowiskach i jako taka ma duże znaczenie praktyczne. W większości wypadków izolaty grzybów są oznaczane jedynie do rodzaju. Istnieje możliwość wysłania doktoranta na krótki staż do CBS w Utrechcie (Holandia).
2. Changes of biodiversity of ITS gene sequences of fungal symbionts influenced by size of host plant population of Dryas octopetala.
Należy wybrać kilka populacji Dryas octopetala w Karpatach np. Tatry, Biała Woda, Nizkie Tatry, Mała Fatra, które różnią się wielkością, wszystkie maja status populacji zanikających. Po zebraniu grzybów z tych roślinnych populacji należałoby zsekwencjonować region ITS tych samych gatunków grzybów z różnych roślinnych populacji np. Isothea rhitismoides, Crocicreas dryadis, Gnomonia dryadis, Pseudomassaria islandica, Sphaerotheca volcartii. Analiza zmienności sekwencji pozwoli zweryfikować hipotezę dryfu symbiotycznego (patrz Chlebicki & Olejniczak 2007, ABC 49: 89-93). Zanikanie populacji roślin wiąże się również z zanikiem ich symbiontów. Czy jest to proces stochastyczny? Czy też związany jest z statusem symbionta. Które symbionty najdłużej pozostają związane z rośliną gospodarza. Pracę można zsynchronizować z badaniami populacji roślin prowadzonymi w Instytucie Dendrologii PAN w Kórniku.
3. Endophytes of Juncus trifidus in selected populations of the Carpathians.
Sit skucina (Juncus trifidus) jest rośliną alpejską, występuje w najwyższych partiach Karpat i Sudetów. Prace do wykonania: izolowanie endofitów na różne pożywki, hodowla izolatów, oznaczanie metodą klasyczną oraz sekwencjonowanie obszaru ITS wybranych kolonii niezarodnikujących oraz mało zmiennych morfologicznie taksonów. Wykonanie map rozmieszczenia endofitów wewnątrz rośliny, konkurencja, trwałość i zmienność składu endofitów. Do wyboru są też inne rośliny jak np. Silene acaulis, Empetrum hermaphroditum, Sibbaldia procumbens, Saxifraga oppositifolia.
4. Dark yeast of rock monuments of Cracow.
Praca będzie polegała na zebraniu grzybów z skalnych powierzchni pomników, elewacji i zewnętrznych ścian zabytków Krakowa. Po wyizolowaniu i hodowli na pożywkach drugim etapem będzie identyfikacja. Konieczne będzie sekwencjonowanie regionu ITS lub też innych regionów w zależności od rodzaju grzyba. Praca pozwoli zbadać stopień skolonizowania zabytków Krakowa przez grzyby i ocenić zagrożenia jakie mogą stanowić. Możliwość stażu w CBS w Holandii.
5. Grzyby z rodzaju Diatrype w Polsce
Praca typowo systematyczna, polegająca na opracowaniu wszystkich gatunków z rodzaju Diatrype w Polsce. W Krakowie znajduje się najbogatsza polska kolekcja tych grzybów.
1. Variability of ITS, (Ssu, Tef 1alfa, beta-tubuline) sequences of some airborne fungi from Poland from such genera as Aureobasidium, Exophiala, Trichoderma and Penicillium.
Praca będzie polegała na zebraniu izolatów grzybowych z powietrza (budynki użyteczności publicznej jak np. Wawel, Muzeum Narodowe, kościoły, podziemia, kopalnie, jaskinie - do uzgodnienia w zależności od możliwości i zainteresowań doktoranta), wyhodowanie kultur na pożywkach, izolowanie DNA, sekwencjonowanie wybranych fragmentów, porównanie z innymi sekwencjami, tworzenie drzewek filogenetycznych dla każdego gatunku. Dokładne opisy szczepów, wcielenie szczepów do Banku mikroorganizmów potencjalnie użytecznych w biotechnologii. Praca umożliwi poznanie niebezpiecznych organizmów występujących w różnych środowiskach i jako taka ma duże znaczenie praktyczne. W większości wypadków izolaty grzybów są oznaczane jedynie do rodzaju. Istnieje możliwość wysłania doktoranta na krótki staż do CBS w Utrechcie (Holandia).
2. Changes of biodiversity of ITS gene sequences of fungal symbionts influenced by size of host plant population of Dryas octopetala.
Należy wybrać kilka populacji Dryas octopetala w Karpatach np. Tatry, Biała Woda, Nizkie Tatry, Mała Fatra, które różnią się wielkością, wszystkie maja status populacji zanikających. Po zebraniu grzybów z tych roślinnych populacji należałoby zsekwencjonować region ITS tych samych gatunków grzybów z różnych roślinnych populacji np. Isothea rhitismoides, Crocicreas dryadis, Gnomonia dryadis, Pseudomassaria islandica, Sphaerotheca volcartii. Analiza zmienności sekwencji pozwoli zweryfikować hipotezę dryfu symbiotycznego (patrz Chlebicki & Olejniczak 2007, ABC 49: 89-93). Zanikanie populacji roślin wiąże się również z zanikiem ich symbiontów. Czy jest to proces stochastyczny? Czy też związany jest z statusem symbionta. Które symbionty najdłużej pozostają związane z rośliną gospodarza. Pracę można zsynchronizować z badaniami populacji roślin prowadzonymi w Instytucie Dendrologii PAN w Kórniku.
3. Endophytes of Juncus trifidus in selected populations of the Carpathians.
Sit skucina (Juncus trifidus) jest rośliną alpejską, występuje w najwyższych partiach Karpat i Sudetów. Prace do wykonania: izolowanie endofitów na różne pożywki, hodowla izolatów, oznaczanie metodą klasyczną oraz sekwencjonowanie obszaru ITS wybranych kolonii niezarodnikujących oraz mało zmiennych morfologicznie taksonów. Wykonanie map rozmieszczenia endofitów wewnątrz rośliny, konkurencja, trwałość i zmienność składu endofitów. Do wyboru są też inne rośliny jak np. Silene acaulis, Empetrum hermaphroditum, Sibbaldia procumbens, Saxifraga oppositifolia.
4. Dark yeast of rock monuments of Cracow.
Praca będzie polegała na zebraniu grzybów z skalnych powierzchni pomników, elewacji i zewnętrznych ścian zabytków Krakowa. Po wyizolowaniu i hodowli na pożywkach drugim etapem będzie identyfikacja. Konieczne będzie sekwencjonowanie regionu ITS lub też innych regionów w zależności od rodzaju grzyba. Praca pozwoli zbadać stopień skolonizowania zabytków Krakowa przez grzyby i ocenić zagrożenia jakie mogą stanowić. Możliwość stażu w CBS w Holandii.
5. Grzyby z rodzaju Diatrype w Polsce
Praca typowo systematyczna, polegająca na opracowaniu wszystkich gatunków z rodzaju Diatrype w Polsce. W Krakowie znajduje się najbogatsza polska kolekcja tych grzybów.